Прохождение Dark Sector начинается с прибытия агенте в регион, подвергшийся заражению, с целью остановить заражение и уничтожить виновника. Сначала герой просто много стреляет, а потом заражается и сам становится мутантом. Но зато приобретает возможность использовать глефу. Она похожа на звезду с изогнутыми лучами, её кидают подобно бумерангу.

Дальнейшее прохождение Dark Sector даёт возможность агенту становиться невидимым, что, конечно, удобно при постоянных стычках с мутантами в разнообразных местах. Произойдёт и встреча с начальством, ссора и противостояние со спецназом.