События игры Симбионт происходят в Москве и под Москвой. В земную атмосферу входят инопланетные корабли и атакуют крупные города. Раса, называемая Рой, оказывается неуязвимой даже для ядерного оружия. Людям приходится уйти жить в подземелья.

Однако враги оказываются не только врагами, но и ... ресурсом, с которым человек может обмениваться генами, получая в результате особые способности, отсюда и название Симбионт. Если в начале игры персонаж является обычным солдатом, то потом он мутирует, и становится меньше похожим на человека, но зато более сильным. А к концу игры он уже почти не отличается внешне от пришельцев.