Прохождение Silent hill shattered memories традиционно начинается с аварии, в которой главный герой по имени Гарри Мэйсон теряет свою маленькую дочь. Седан красного цвета мчится по дороге и вдруг неожиданно теряет управление, после чего съезжает через сугробы, сносит проволочный забор и останавливается лишь после столкновения со столбом. Следующая сцена разворачивается уже в кабинете доктора (вы видите все от первого лица, поскольку именно на таком виде основывается прохождение Silent hill shattered memories). Доктор просит вас максимально честно заполнить форму, в которой размещен тест на личность, после чего уточняет последний вопрос и говорит, что готов начинать терапевтическую сессию.

Такого рода сессии с доктором будут присутствовать на протяжении всей сюжетной линии игры, а тесты, которые вы будете проходить в них, в конечном итоге определят ваш психологический портрет в игре. На основе первого теста будет сформирован ваш профиль и персональный Сайлент Хилл, а это значит, что каждая новая игра может проходить в совершенно новом профиле, от которого будут зависеть образы персонажей, окружение и весь тон повествования. Помимо всего прочего, именно психологический профиль подбирает концовку игры из четырех возможных вариантов.

Поскольку психологический профиль имеет чрезвычайно сложный и изменчивый характер, который зависит, прежде всего, от действий самого игрока, сложно осветить в одном прохождении все возможные варианты развития сюжета. В связи с этим прохождение игры касается исключительно отдельных шагов, необходимых для дальнейшего продвижения.