Правительство проводит крупную операцию с целью контроля ЧАЭС, для этого в зону отправляются вертолеты. Но вертолеты терпят крушение. И главная задача бывшего сталкера, а сейчас майора СБУ Дегтярева: поиск пяти вертолетов, которые пропали, и в которых есть какая-то информация.

Для прохождения квеста Сталкер: зов Припяти необходимо исследовать место падения всех вертолетов. И майору Дегтяреву с тяжелым рюкзаком за плечами и автоматом приходится много времени проводить в пути. Ведь куда конкретно идти – ему пока неизвестно. Но хорошо, что в дороге встречаются услужливые сталкеры, которые готовы помочь, подсказать верный путь, правда, не бесплатно. Но лучше встреча с такими помощниками, чем с голодными собаками или кровососами, на которых придется потратить пол обоймы автомата.

Прохождение Сталкер: Зов Припяти весьма захватывающее путешествие и довольно разнообразное: не забывая о своей миссии, по ходу можно присоединиться к воюющим сталкерам (ну, пострелять для разнообразия), можно понаблюдать в бинокль за каким-нибудь монстром, можно с помощью детектора заняться поиском артефактов. При этом не забывать уклоняться от языков пламени, кислотных брызг, электрических вспышек, прятаться в укрытие при регулярных выбросах.  Вам все время предстоит сделать выбор: ограбить команду сталкеров или просто расстрелять их со спины, освобождать заложников силой или все-таки лучше договориться. От вашего выбора зависит, как дальше «фишка ляжет».

Главный выбор, который предстоит сделать в трудный момент: продолжить игру или покинуть Зону. Если вы примете решение «покинуть», то сможете ознакомиться с дальнейшей судьбой ключевых персонажей  в слайд-шоу.