События в игре Сталкер Чистое небо происходят в 2011 году. Зона нестабильна, постоянно происходит смещение аномальных полей из-за участившихся выбросов. Сражения кланов происходят за открывающиеся территории.

Действие разворачивается по времени до "S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl". Правда о том, как и зачем стрелок попал в зону, откроется в конце. Для этого необходимо выживать - убивать монстров и противников, из других кланов, лечится от облучения, обходить стороной аномальные области, укрываться от выбросов.

Геймплей выполнен с реальных фотографий объектов Чернобыльской зоны отчуждения. Необъяснимые происшествия постоянно держат в напряжении, что визуально наблюдается при помощи улучшенной графики - объемные дымовые и световые эффекты, динамичное намокание поверхностей. И, надо помнить, все поступки героя повлияют на отношение к нему членов его группировки.