Прохождение Portal 2, вопреки всем обещаниям разработчиков, не обойдется без знаменитых шуток про тортик: отдельные упоминания о кондитерском изделии все же будут присутствовать в игре. Прохождение Portal 2 в главе под названием «Побег» дает игроку возможность создать при уничтожении генератора нейротоскинов портал на движущейся поверхности (при этом как в предыдущих, так и в последующих частях игры это сделать невозможно). В процессе разработки игры отдельные уровни составлялись из блоков небольших размеров, которые соединялись между собой невидимыми порталами, что давало возможность максимально оперативно перекомпоновывать комнаты. Все порталы были состыкованы в один уровень автоматикой непосредственно пред окончательной сдачей игры. Однако в последней главе, в которой Уитли сбрасывает на главную героиню поломанные турели, остались порталы (они расположены в ящике, который внутри значительно больше, нежели снаружи).

Во время прохождения финальной битвы игрок может открыть два портала, окрашенные в один цвет – они расположены на Луне и под Уитли. Такая мера защиты от ложных действий игрока была использована не только в данном месте (так, в комнате последней главы тестеры забывали, в какой цвет должен быть окрашен открывающийся портал, и удивлялись, что воронка никак не появляется).

При прохождении игры игрок сможет найти несколько радио, которые надежно упрятаны в самых труднодоступных помещениях. Данные приборы передают скрытый сигнал, который может быть преобразован в картинку. Одно из радио проигрывает музыкальную композицию в исполнении группы The National.