Прохождение Saints row 2 начинается с первой миссии под названием Побег. Герой, выйдя из комы, отчетливо осознает, что надо бежать, поскольку в тюрьме он просто не выдержит. Судьба, будто подслушав его помыслы, посылает ему старого знакомого Карлоса (его мы спасали в первой части игры), который говорит, что выбраться можно, только если добраться до доков. Убиваем доктора и, отбиваясь от многочисленных копов, выбираемся из здания тюрьмы и следуем к пристани. Здесь садимся в лодку и следуем в родной Stilwater.

В этом городе полицейские, наконец, отстают от героя. Город безумно изменился внешне, а главное, здесь перераспределились силы: некогда властвовавшая Saints давно потеряла влияние, а на бандитскую арену вышли Brotherhood, Ronin и Sons of Samedi, которые и разделили между собой город. Дальнейшее прохождение Saints row 2 будет уже без Карлоса: старый друг покидает героя.

Чтобы копы не узнали героя, ему нужно переодеться: поэтому в самом начале второй главы Названный защитник отправляемся в магазин и покупаем вещи по своему вкусу. В баре узнаем, что нашего лучшего друга Джонни Гата взяли копы, и спешим ему на помощь. По пути отбиваемся от пьяного громилы, а заодно и от нескольких его дружков. До зала суда герою предстоит добраться всего за четыре минуты, и все это время у него на хвосте будет машина с головорезами. Выхватываем Джонни из плотного кольца полицейских и везем его домой, по пути обязательно заезжая в так называемое «спасительное место» (что-то вроде салона перекраски автомобилей).